熊大曾是森林里的“老大哥”，直到一个不速之客到来，它将自己神力传给了熊强，熊大变成了三人组合内能力最弱者。为了改变现状，他步入了反派陷阱，引发了毁天灭地的危机......
白明与御子地。 住在绿意盎然的森林中的，两位小小的女孩子。 在树洞里建造家、把树叶当做伞、坐在昆虫或鸟的背上…… 身高9厘米的话，这种事情也是能做得到的。 不去悄悄地偷看一下吗？ 她们那安详而愉快，十分可爱的生活。
曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。 被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？
