机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
人类长期以来隐藏在墙壁中的巨大秘密是——
虽然调查兵团离真相更近了一步，但由于当时的王政，被冠以了反叛者的污名。
但是，人类不仅仅是被饲养的家畜。
艾尔文·史密斯追求真相的的执念打动了宪兵团的高层，最终爆发了针对现行体制的政变。
一直欺骗民众的虚伪之王被废，继承了真正王室血统的希丝特莉亚·雷斯即位。在亲自讨伐巨人的勇敢女王的带领下，人类迎来了新的时代。
艾伦·耶格尔获得了硬质化能力和由此诞生的新型对巨人兵器。
稳步而顺利地进行反抗准备的人类，为了心中的夙愿，毅然实行了夺回玛利亚之墙的作战。
这是人类和巨人赌上彼此生存的终极之战。在那之前，艾伦、人类到底能得到什么呢？
堀江青（和气杏未 配音）表面看来是一位非常平凡而且害羞的女子高中生，实际上，她的父亲是大名鼎鼎的官能小说家，这让青感到非常的自卑，并且常常陷入困扰之中。青最大的愿望，就是能够摆脱父亲的存在，开始独自一人的生活，为此，她非常努力的用工念书，希望能够考上理想的大学。 让青没有想到的是，班上的风云人物，和自己八竿子都打不到一起的木岛（寺岛惇太 配音）竟然和自己告白了，虽然处于本能，青拒绝了木岛，但是实际上，她对木岛的存在非常的在意。恋爱还没有开始，青的脑海里就已经充满了桃红色的幻想，这样下去，她人生的第一次恋爱能够成功吗？
26年前夜见山北中学的三年三班里，曾经有一位名叫「misaki」的学生。她不仅是位运动天才还是个优等生，个性平易近人广受众人喜爱的她却在某日突然猝死，极度悲伤的同班同学们无法接受这件事实，众人决定到毕业之前仍想像见崎还活著般度过每一天。因此见崎的座位就这样一大早上课会有人来打招呼，偶而还会有人藉机搭话——但这段美丽的插曲却对三年三班带来某种扭曲的现象。而在1998年春天，转到三年三班的榊原恒一，莫名感到班上的气氛持续著不安感。在这样的班级里，有位行事异于常人，孤高的美少女见崎鸣——一只眼睛遮著眼罩总是独自一人在画画，拥有不可思议的存在感让恒一不禁想试著接近她，但却就此陷入更深的谜团之中。 随著故事的进展，班上的气氛越来越紧张，也有越来越多的人不知是巧合还是「诅咒」而意外生亡。在绫辻大师的笔触下，恐怖的气氛越发浓厚。
