自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
一年一度的春节即将到来，人们都陷入了一片欢快的节庆气氛之中。孤身一人在外的光头强（谭笑 配音）也想回家过年，只是李老板（张伟 配音）还拖欠着他的工资，光头强还期盼着能够用这笔钱给在老家的父母置办一点年货。最终，光头强找到了一份护林员的工作，和动物们一起保护森林的安全。 可是，李老板似乎是诚心要给光头强找麻烦，他派出了伐木机器人来到光头强守护的树林里大肆开采。为了履行自己的职责，光头强和熊大（张伟 配音）、熊二（张秉君 配音）、毛毛（孙尧东 配音）、涂涂（万丹青 配音）等可爱的动物们一起和李老板抗争到底。
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
