由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
第1集:图图设计大师 第2集:掩耳盗铃 第3集:万能创可贴 第4集:又好又坏的广告 第5集:输了赢了 第6集:购物真方便 第7集:爸爸爱摄影(上) 第8集:爸爸爱摄影(下) 第9集:写一封信 第10集:宰相肚子装什么 第11集:我有多爱你 第12集:回来吧大智 第13集:没有玩具怎么玩(上) 第14集:没有玩具怎么玩(下) 第15集:好事还是坏事 第16集:每个人的弱点 第17集:别人难过的时候 第18集:答非所问 第19集:爸爸妈妈别吵架 第20集:妈妈的节日 第21集:讨厌的选择题 第22集:我有一双亮眼睛 第23集:那个龙猫 第24集:免费礼券 第25集:壮壮哥哥的兴趣 第26集:当我还是一个小宝宝
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」,已过了十多年。觉醒了特殊能力,被称为「猎人」的人们,与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间,其等级也不会再有变化。然而,被称作是人类最弱兵器的程肖宇,在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力,得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务,得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇,为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材,而投身于新的战斗之中。