由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
在不远的未来,地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫,它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船,携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时,也给人类带来了先进的基因技术,人类由此进入了一个全新的时代。 然而,邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙,妄图统治人类世界,英勇的X26小队再次出战,通过激烈的战斗,最终将邪恶组织消灭。可是,变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后,恐龙已经占据了地球绝大地方,人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人,在寻求自身命运的同时,发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。