小丸子是一名小学二年级的女生,她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话,那么她的周围可谓“怪人”多多,有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷,讨人厌的宾治同学等等,这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们,每天都在演绎着生活的趣事,伴随着小丸子一天天长大。
电影讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师,担任全校最不被看好的班级3年E班的导师,与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物,却为学生竭尽心力、赴汤蹈火。使得本来弥漫诡异氛围的课堂,却成为3年E班终生难忘的回忆。而3年E班的同学们与杀老师以羁绊和真挚互动所守护的约定,也陪伴着他们到了7年后的未来。