小丸子是一名小学二年级的女生，她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话，那么她的周围可谓“怪人”多多，有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷，讨人厌的宾治同学等等，这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们，每天都在演绎着生活的趣事，伴随着小丸子一天天长大。
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。 然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
虽然患有心脏方面的疾病，但是少年翔（神木隆之介 配音）的父母依然对他疏于呵护。为了准备即将到来的手术，翔来到了位于偏远乡间的姨婆（竹下景子 配音）家静养。姨婆家位于一片幽静的丛林中，这是一幢有着上百年历史的欧式别墅。这里除了生活着姨婆和女佣阿春（树木希林 配音）外，还有一个奇特的三口之家，“借东西一族”——小人阿莉埃蒂（志田未来 配音）和她的爸爸（三浦友和 配音）妈妈（大竹忍 配音），他们生活在别墅的地板下，只有几公分高，过着不为人类察觉的生活。遇到所需的日常用品时，便会在夜深人静之时偷偷潜入厨房借出来。翔无意中瞥见阿莉埃蒂的身影，他有心接近这些传说中的小人，却不知不觉打扰了他们的生活…… 本片根据英国作家玛丽·诺顿的原著《借东西的小人》改编，并荣获2011年日本电影学院奖最佳动画片奖。
