小丸子是一名小学二年级的女生,她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话,那么她的周围可谓“怪人”多多,有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷,讨人厌的宾治同学等等,这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们,每天都在演绎着生活的趣事,伴随着小丸子一天天长大。
当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际,已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时,与一股强大的新威胁正面交锋,这股威胁足以永远改变人类的命运。
在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子 配音)、井之上京(夏树莉绪 配音)、火田伊织(夏树惠 配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……