小丸子是一名小学二年级的女生，她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话，那么她的周围可谓“怪人”多多，有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷，讨人厌的宾治同学等等，这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们，每天都在演绎着生活的趣事，伴随着小丸子一天天长大。
平凡的高一学生陆水银，喜欢校内第一的大小姐陆怜。 但陆怜突然不可思议地被诱拐到盗墓游戏的世界中， 追着她的水银也在美少女向导双子星的邀请下前往那个世界。 之后，他接过已被加以百亿课金的终端。 水银为了守护陆怜，成为游戏世界最后的“守墓人”，参加与“盗墓者”之间的攻防战。 在战斗的途中，他们的秘密也逐渐揭晓——。
“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
