C.E.70年2月,地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月,在“非我即敌”的观念驱使下,地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候,少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后,背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后,他成为了ZAFT的战士......
女主角“不动纯”是一个有特殊体质的人,她可以变身成“恶魔人”。有一个专门的组织和她达成了协议,由她来消灭其他的恶魔人。就在女主角消灭了一个又一个恶魔人之后,组织里的头头“兰”开始了一项可怕的计划。原来,世界上有很多人都有突变为恶魔人的体质,只是未被触发而已。兰宣称为了不让更多的人变成恶魔人,要给全世界的人注射预苗,而这预苗其实就是诱发基因突变的药物。很多人变成了恶魔这些恶魔人被就因为长的怪就给正常人欺负可以说是没有了人权。而兰也是只个很特殊的人,他利用女主角对他隐隐约约的感情和她完成了最后的仪式。