C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
热爱音乐的米格尔（安东尼·冈萨雷兹 Anthony Gonzalez 配音）不幸地出生在一个视音乐为洪水猛兽的大家庭之中，一家人只盼着米格尔快快长大，好继承家里传承了数代的制鞋产业。一年一度的亡灵节即将来临，每逢这一天，去世的亲人们的魂魄便可凭借着摆在祭坛上的照片返回现世和生者团圆。 在一场意外中，米格尔竟然穿越到了亡灵国度之中，在太阳升起之前，他必须得到一位亲人的祝福，否则就将会永远地留在这个世界里。米格尔决定去寻找已故的歌神德拉库斯（本杰明·布拉特 Benjamin Bratt 配音），因为他很有可能就是自己的祖父。途中，米格尔邂逅了落魄乐手埃克托（盖尔·加西亚·贝纳尔 Gael García Bernal 配音），也渐渐发现了德拉库斯隐藏已久的秘密。
黒い森の奥深く、 毒キノコのお家にひっそりと、 ルーナという一人の魔女が住んでいました。 彼女が触れたり歩いたりしたところには毒キノコが生えることが多く、 吐く息や皮膚には毒が混じっています。 街の人達は彼女を“シャンピニオンの魔女”と呼びました。 黒魔女として恐れられている彼女に、近づく者は誰一人いません。 ルーナは今日も薬を売るために街へと向かいます。 彼女の薬は万能薬として大人気で、 手にした人はみな口をそろえて感謝の言葉を述べます。 しかし、みな誰が薬を作っているか知りません。 それでもルーナは、今日も薬を作り続けます。 そんなある日のこと。 人の温もりを知らない孤独なルーナに、夢のような出会いが訪れて……。 恋と冒険と感動の魔法ファンタジーが、いま幕を開ける！ ──これは、心優しい黒魔女・ルーナとそれを取り巻く人々の、 それぞれの愛の物語。
