C.E.70年2月,地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月,在“非我即敌”的观念驱使下,地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候,少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后,背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后,他成为了ZAFT的战士......
在都立杜鹃花台高中放学后的教室里,响裕太在笔记本上一遍又一遍的画着GRIDMAN。这个世界曾经被一个少女创造、又被破坏。拯救了那个少年的心的,是从异次元来的超级代理人GRIDMAN,少女制作了拥有心灵的怪兽,以及裕太他们。在和平的世界力生活的他们,日常生活随着一身声巨响开始崩溃。
2117年冬、公安局ビルに一台の暴走車両が突入する事件が発生。その運転手は青森にある潜在犯隔離施設〈サンクチュアリ〉の心理カウンセラー・夜坂泉だった。しかし取調べ直前に夜坂の即時送還が決定する。 監視官の霜月美佳は、執行官・宜野座伸元らとともに夜坂送還のため青森へ向かう。 そこで待っていたのは、〈偽りの楽園〉だった。