C.E.70年2月,地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月,在“非我即敌”的观念驱使下,地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候,少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后,背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后,他成为了ZAFT的战士......
主角·麻生胜是望月博士的助手,由于望月博士正在研制NEO生命体·ZO,麻生胜不幸成为了NEO生命体的实验品,望月博士将蟥虫的因子注入了麻生胜体内!之后麻生胜逃离了研究所,由于不能接受自己的身体所以一直沉睡在深山…… 一天,他突然感觉到望月博士的感应而醒了,原来博士他以改造了一只NEO生命体·杜拉斯,杜拉斯有着比ZO更强大的力量,而且拥有用自己身体的一部分来制作怪人的能力! 另一方面,杜拉斯正准备捉拿望月博士的儿子·望月宏,皆因博士对宏的爱多于自己,从而使杜拉斯嫉妒不已。但幸运的是,ZO正好出现,并救了宏,与NEO生命体·杜拉斯的连翻激斗也由此开始!