自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女,这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中,超能力已经可以通过科学技术创造出来,但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
堀江青(和气杏未 配音)表面看来是一位非常平凡而且害羞的女子高中生,实际上,她的父亲是大名鼎鼎的官能小说家,这让青感到非常的自卑,并且常常陷入困扰之中。青最大的愿望,就是能够摆脱父亲的存在,开始独自一人的生活,为此,她非常努力的用工念书,希望能够考上理想的大学。 让青没有想到的是,班上的风云人物,和自己八竿子都打不到一起的木岛(寺岛惇太 配音)竟然和自己告白了,虽然处于本能,青拒绝了木岛,但是实际上,她对木岛的存在非常的在意。恋爱还没有开始,青的脑海里就已经充满了桃红色的幻想,这样下去,她人生的第一次恋爱能够成功吗?
柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传,大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死,跟宝藏传说有着莫大关系,他试图解开背后原因,“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后,满以为有所起色,猎人却突然现身,并偷走了原来发现的宝藏!小兰和园子落在猎人的魔掌之中,性命危在旦夕!隐藏于传说中的讯息是什么?“海底宫殿”有什么秘密?穿越300年时光的暗号,柯南誓要逐步解开迷题