自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
いまだ人と、人ならざるものの世界が、分かたれてはいなかった古の物語。 三千年の時を経て復活した、魔神族の精鋭〈十戒〉との戦いに〈七つの大罪〉は敗れ、メリオダスは死んだ。 そして、ブリタニアには暗黒の時代が訪れる。 ディアンヌ、キング、ゴウセルも行方不明の中、リオネス王国に迫る〈十戒〉の魔の手。 エスカノールがエスタロッサを退けるも劣勢は続く。 そして、エリザベスが窮地に陥ったその時、圧倒的な力を取り戻したメリオダスが煉獄より復活を果たす。 〈十戒〉のグレイロードとフラウドリンは討たれ、リオネス王国は守られた。 復旧する建物。しかし、人々の恐怖に傷ついた心は癒えない。 そして、力を取り戻した事でメリオダスは、最凶の魔神と呼ばれた時代に逆行しつつあった。 キャメロットを根城にする〈十戒〉の脅威は続く。 ブリタニアを魔神族から解放する為、〈七つの大罪〉は再集結に向けて動き出す──。
