自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
一名因兴趣开始当英雄的男子埼玉。 经过三年苦练，他获得了无敌的力量，能一拳击败任何敌人。 偶然收下弟子杰诺斯后，两人一同加入职业英雄组织英雄协会，每日展开活动。 某日，自称怪人协会的怪人突然出现，掳走了协会干部的子女作为人质。 英雄协会召集S级英雄，策划潜入怪人协会基地的救援行动。 而在英雄与怪人激战正酣时，被掳至怪人基地的人类怪人饿狼，缓缓睁开了双眼！
FAIZ將劃破黑暗 為這個世界帶來光明。 發生在不遠的未來、某一個國家的故事…。 在那裡，世界的大半都已經被人類的進化型態── 「再生使徒」所支配。 再生使徒的城市裡，人類的存在是不被允釭滿C 躲躲藏藏過日子的人類當中， 有個少女名叫園田真理。 真理宣揚著FAIZ(乾巧)這位救世主的存在， 但是並沒有人願意相信她這個夢幻的故事。 智腦公司對１萬人的騎士部隊、 下達了殲滅人類命令。 「全員變身！」 獻給活在這個時代 卻失去了光明的所有人們的鉅作。
