距离现在2000年前，第七音素(セブンスフォニム)的发现，行星的诞生至到被消灭的未来都记载在“星之记忆”中。因此各国都为了得到星之记忆，使奥尔多兰特开始战乱的时代。 长期的战争使大地疲乏，产生了有毒的障气。人们就随着懂得读取星之记忆的谱术士尤利亚·乔艾的预言，把充满障气大地封住。 时至今日—— 世界被分为奇姆拉斯卡·蓝巴尔迪亚王国和马尔库特帝国二大国家，保持着短暂的和平。但是真正支配人们的，不是两国的王国，而是守护着尤利亚教训的罗雷莱宗教团的“预言”
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
日本各地出现了异空间「魔都」── 由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力， 因此便由女兵组成了「魔防队」。 某一天， 过着抑郁生活的男高中生──和仓优希 不小心闯进了突发性产生的魔都入口， 在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香， 而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
