距离现在2000年前,第七音素(セブンスフォニム)的发现,行星的诞生至到被消灭的未来都记载在“星之记忆”中。因此各国都为了得到星之记忆,使奥尔多兰特开始战乱的时代。 长期的战争使大地疲乏,产生了有毒的障气。人们就随着懂得读取星之记忆的谱术士尤利亚·乔艾的预言,把充满障气大地封住。 时至今日—— 世界被分为奇姆拉斯卡·蓝巴尔迪亚王国和马尔库特帝国二大国家,保持着短暂的和平。但是真正支配人们的,不是两国的王国,而是守护着尤利亚教训的罗雷莱宗教团的“预言”
《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中,以人类的肉为食。拥有人类的形态,却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG,为了达成某个命题,而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们,与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——!?