距离现在2000年前,第七音素(セブンスフォニム)的发现,行星的诞生至到被消灭的未来都记载在“星之记忆”中。因此各国都为了得到星之记忆,使奥尔多兰特开始战乱的时代。 长期的战争使大地疲乏,产生了有毒的障气。人们就随着懂得读取星之记忆的谱术士尤利亚·乔艾的预言,把充满障气大地封住。 时至今日—— 世界被分为奇姆拉斯卡·蓝巴尔迪亚王国和马尔库特帝国二大国家,保持着短暂的和平。但是真正支配人们的,不是两国的王国,而是守护着尤利亚教训的罗雷莱宗教团的“预言”
一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时,收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂(Ghost Eyecon)后,来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物,甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身,成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂,投身于影响世界命运的战斗中。