在第二部里,包拯(陆毅饰)已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动,而成了稳重有担待的县城父母官,偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京,查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动,而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎,日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策(任泉饰)已然拜服在包拯的聪明才智下,甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓(范冰冰饰),
由于某个事件而遭到搜查一课流放的刑警须藤友三(渡部笃郎 饰),被分配到“警视厅总务部总务课动植物管理组”虽然他留恋在现场办案的日子,渴望重返一线,但他也理解警察组织的规定,明白那非常困难。就在他开始考虑为年轻人让路,渐渐丧失了对办案的热情时,他与兽医系毕业的动物专家、新人警察圭子(桥本环奈 饰)成为搭档。比起人类更爱动物的圭子,时常惹得须藤不知如何是好。但若遇上了事件,圭子会透过遗留在现场的宠物与自身丰富的知识、观察力进行推理。而在与圭子合作的过程中,须藤也重新燃起了对工作的热情。