"高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
2010年对于很多动画粉丝来说都是惨痛的一年，因为这一年之内接连失去了数位对动画事业有莫大贡献，在业界举足轻重的知名监督，包括2010年8月逝世、《千年女优》、《东京教父》的监督今敏，以及《机动战高达 第08MS小队》、《Hellsing》的监督饭田马之介。饭田监督于2010年11月26日因肺癌逝世，享年仅49岁。他走后留下了不少未完成的遗作。2009年年底，角川书店杂志《Gundam Ace》2月号上公布了著名动画制作公司骨头社BONES将负责制作饭田马之介遗作《永远之久远》（《トワノクオン》）的官方消息。而在《Gundam Ace》3月号杂志上，公开了动画剧场的制作阵容、故事大纲和具体上映日期等情报。
平凡少年韩立出生贫困，为了让家人过上更好的生活，自愿前去七玄门参加入门考核，最终被墨大夫收入门下。墨大夫一开始对韩立悉心培养、传授医术，让韩立对他非常感激，但随着一同入门的弟子张铁失踪，韩立才发现了墨大夫的真面目。墨大夫试图夺舍韩立，最终却被韩立反杀。通过墨大夫的遗书韩立得知了一个全新世界：修仙界的存在。在帮助七玄门抵御外敌之后，韩立离开了七玄门，前去墨大夫的家中寻找暖阳宝玉解毒，并帮助墨家人打败了敌人。通过墨大夫之女墨彩环的口中得知太南小会地址，韩立为追寻修仙人的足迹决定前往太南小会，拜别家人后……
