"高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……rn本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。
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