"高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
不久的未来，人类的世界早已拥挤不堪，迈向星河、寻找新家园的行动迫在眉捷。正当一切有条不紊的推进之时，月相异动，脚下的大地爆发了长达数十年、剧烈的地质变化，人类在这场浩劫中所剩无几。当天地逐渐恢复平静，人们从废墟和深渊中重新踏上了这片熟悉而又陌生的大地。习惯了主宰一切的我们是否还是这个世界的主人？
万众瞩目的盛世婚礼却成新娘云望舒一族的灭门血宴。宗门覆灭、亲族尽屠，皆因一场精心布下的阴谋。而她心脉俱毁，浴血而逃，生死边缘与神秘势力“罗异阁”达成换心之契。蛰伏六十载，昔日年少天骄，今成血衣罗刹，以“曦和”之名，她云望舒誓要以仇敌之命，血祭宗门冤魂！
