机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
身为古神的叶辰从神境世界陨落到了苍蓝世界，这里百州千国林立，豪强争霸，叶辰在这个苍蓝世界呆了数百年，建立了庞大的势力。在百州千国，叶辰的存在一直都是一个传说。但是来自神境世界的力量慢慢地延伸到了苍蓝世界，一场残酷的龙争虎斗即将开展。南州都城，天北国第一战将洪旭与南州双月门门主武隆二人在花神宫外比武，却不料败在花神宫丫鬟组小组长苏小小的手中，众人震惊。北狄大军出现在了南州东部，欲破南州。守将不顾南州百姓安危与斩风的劝阻，打算打开城门投降。花神宫宫主澹台月及时出现，以将北狄灭国为威胁，逼退率领北狄大军的雷帅。苏小小让武隆和斩风前往花神宫外门打杂。为了阻止战争的爆发，叶辰孤身一人前往北狄的途中，遇到了圣女——慕清雪跟他的随从。数百之多的北狄狼骑突然出现，将他们的去路完全封死。叶辰出手，打败了北狄的将军和狼骑，救下了慕清雪一行人。漫山遍野的火焰将他们包围在了雪地之中。叶辰急忙逃离，顺便带走了慕清雪。北狄国主托尔克汗为了花神宫一事，前往神冢祭坛，寻求老国师的帮助。老国师令托尔克汗持他的信笺，前往昊天宗，请昊天宗宗主出山。慕清雪回到了自己的家园当中，却发现自己的家园已经被摧毁。叶辰将慕清雪带入了先祖古墓之中。叶辰与慕清雪二人在洞穴之内发现了一艘拥有智慧的远古飞船——若琪。安琪和若琪在穿梭暗域世界的时候，被噬灵偷袭，生死不明。只有找到七份生命契约，这样才能让安琪复活。叶辰使用空间神力救助了大祭司。昊天宗等人闯入月影山庄，将一众花神宫的子弟杀害。苏小小出手，将昊天宗的执事打倒在地。谛听与苏小小等人对战。苏小小打算带上门人后撤。一路追踪苏小小等人的谛听，遇上了叶辰，反被打败。昊天宗毁了叶辰的月影山庄之后，手下死伤惨重。澹台月展开反击，不惜动用炼魂碎魄大阵，叶辰出手，将昊天宗宗主严鸿击败。而后叶辰才得知，昊天宗的幕后黑手其实是风雪女神安雪。叶辰和他的朋友们跟安雪斗智斗勇，并最终拯救了整个世界。
收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
