神医九小姐

　　四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。

　　在武者为尊的世界，石牧的命运似乎注定要与众不同。作为世家养子，他被迫踏上寻找真相和自我救赎的武者之路。从丰城四馆较技到宗门之争，利益牵扯，强敌环伺，每一次挑战都让石牧更坚定。最终，石牧领悟了自己的血脉力量，不仅改变了自己的命运，也影响了许多人的未来。

　　与假面骑士Thousand Ark的游戏中取得胜利的檀黎斗借着幻梦无双卡带的力量，陆续收购IT相关的风险投资企业，扩大幻Corporation。但随后Smart Brain的形象女郎兼社长秘Smart Queen出现，宣告已经完成了幻梦Corporation的收购。其目的是黎斗创造游戏的力量。 黎斗拿着幻梦无双卡带逃离现场，然而电池耗尽令他静止了。 而救助黎斗的是意外的人物ーーー。

　　幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……
　　本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。