一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。
该剧是90年代X战警系列动画续集，万磁王领导X战警。在充满着仇恨和偏见的人类主宰的世界里，熟悉的X战警成员接连回归，全新角色即将加盟。
未来世界，入侵太阳系的宇宙怪兽军团没有结束。 具有超能力，能够召唤大型机器人少男少女们——“TOPLESS”们组成了宇宙怪兽攻击部队，以此保护太阳系。 少女诺诺崇拜传说中的宇宙飞行员诺诺利利，希望成为一名宇宙飞行员，可是离家出走的她却落得只能打工做餐厅服务员。 机缘巧合，诺诺结识了“TOPLESS”一员拉尔克，拉尔克拒绝了诺诺加入的请求。但此时，地面上突然出现了宇宙怪兽。诺诺被卷入战斗，她隐藏的超能力被激发，宛如超人般的大败了宇宙怪兽。诺诺与拉尔克就此成为战斗伙伴。但是，宇宙怪兽的强大，与世界的真相，远远超乎二人的想象。
