沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
在距离魔仙堡不远的地方，有着另一个魔法王国，名叫“魔法彩灵堡”，这里是一个充满色彩、充满欢乐和充满幽默感的世界。彩灵堡魔法世界仿佛就是一个无忧无虑、和平欢乐的魔法国度。直至一天，在彩灵 堡魔法王国边缘，一个黑灰色的小岛上，小岛的主人——黑咒魔王刚从长眠中醒过来。黑咒魔王为了要让黑咒岛变得更强大，他的方法就是要将彩灵堡的“色彩魔法能量”占为己有，性格怪癖的黑咒魔王派遣他的手下——黑豆兵，秘密潜入彩灵堡，偷取色彩能量。彩灵堡公主眼见自己的国民被欺负，自己又因为被神秘的咒诅变成了一只精灵而无计可施。但她怎么也想不到，竟然会有三个来自人类世界的奇怪美少女，成为她的亲密伙伴，跟她一起对付黑咒魔王。而这魔法小国和平欢乐的气氛也因为这三个从人类世界闯进来的少女而发生了很大的变化
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
2011年，从一个约定开始。2017年，这是我们共同的奇迹。阔别六年再飞行，这一次麦当、咕咚和笛亚在木星遭遇有史以来最大危机，矛盾重重，生死一线，麦当一行能否突出重围？
