当还是很和平的时候,世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”,地球受到无尽的威胁。在这时,联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落,其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。 日本各地,黑暗十字军各自选出目标,杀害反对他们的人。当大家都被杀害,其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣,使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们,他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间,巨大的墙壁突然出现!故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分,并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的,是一位青年,其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身!」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build,阻挡在Smash的面前!