当还是很和平的时候，世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”，地球受到无尽的威胁。在这时，联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落，其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。 日本各地，黑暗十字军各自选出目标，杀害反对他们的人。当大家都被杀害，其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣，使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们，他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。
美树与阿香好不轻易有机会参加海滩城市饭店的开幕仪式，没想到海怪和阿獠不但爽约，还意外为一个女孩子引起一场火拼。原来流亡海外的哥斯迪罗共和国的前独裁者基利阿姆将军为报复美国想利用海滩城市饭店的电脑入侵美国的战略防卫系统......
当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际，已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时，与一股强大的新威胁正面交锋，这股威胁足以永远改变人类的命运。
在白天，羽丘芽美（樱井智 配音）是就读于圣波利亚学院二年级的普通女生，可是一到夜晚，她就会变身成为行侠仗义的怪盗圣少女，在好友深森圣良（井上喜久子 配音）的帮助下展开劫富济贫的行动。芽美最大的对手不是别人，正是同班同学，自称为名侦探的飞鸟二世（冈野浩介 配音）。飞鸟强烈的正义感让他下定决心，誓要揭开圣少女的真正面目，父亲刑警的职业也为飞鸟的抓捕行动提供了便利，虽然屡屡经历失败，但飞鸟并没有因此而气馁。 其实，飞鸟一直占据着亚美作为普通少女的内心，但碍于身份无法向他表达，游走在双重身份之间也让亚美经历了一些特殊的惊险时刻。一个不断追捕，一个不断逃避，最终这本性善良的两人竟会迎来怎样的结局呢？
经过艰苦鏖战，星矢、紫龙等人终于打败包括三巨头在内的108冥斗士，凭借12黄金圣斗士的力量和沾染女神献血复活的圣衣的加护，星矢等人最终冲过叹息之墙和异次元空间，一辉也在潘多拉的帮助下随后抵达冥王哈迪斯盘踞的所在——极乐净土。 这是一片至高无上的天堂，没有饥饿、战争和痛苦，只有死后被神选中的人才能达到这里。他们的到来惊动了守护哈迪斯的两位神明——死神达拿都斯和睡神休普诺斯。他们的神力极为强大，纵使曾无数次保护过青铜圣斗士的黄金圣衣在他们的面前也薄如脆纸。绝望之际，圣衣的力量再次苏醒，进化成只有神灵才能拥有的神圣衣。神与神的战争再次升级，人类的命运将会如何？
