明嘉靖年间，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，明朝危在旦夕。南京城内，南京总兵程肃之子程闻道天资聪慧、少年得志，本欲与青梅竹马的郡王府郡主李蓁蓁喜结良缘，然而，这一文一武两家的联姻，却引起了朝廷高官明德的恐惧。 于是，明德设计提拔程闻道的结拜弟兄高剑雄，并假传圣旨将程闻道一家灭门。心存愧疚的高剑雄放了程闻道一条生路，但两人从此结怨。重伤的闻道被少林僧人救回少林药局救治，一段关于“禅、武、医”的问道故事就此展开。
关于四灵仙尊花如月（白鹿 饰）和大成玄尊白九思（曾舜晞 饰）之间的夫妻战争。她究竟是消失的爱人还是另有所图，他究竟是爱她还是要将她绞杀，且看。
杨过（陈晓 饰）是杨康之子，于偶然之中被郭靖（郑国霖 饰）和黄蓉（杨明娜 饰）夫妇收留，然而杨过虽有极高的武学天赋却生性顽劣四处招惹是非闯下大祸，郭靖夫妇无奈之下将他送往全真教，希望师傅能够好好调教。 无法忍受苛刻森严的教规和苦不堪言的日子，杨过决定逃跑，却在误打误撞之中闯入了禁地古墓之中，在那里邂逅了恍若天人的小龙女（陈妍希 饰），就这样，杨过成为了小龙女的徒弟，修习古墓派武功，随着时间的推移，杨过和小龙女之间渐渐产生了超越于师徒之上的感情。李莫愁（张馨予 饰）的闯入使杨过和小龙女被卷入了剪不断理还乱的江湖纷争之中，他们所要面对的，不仅是明争暗斗腥风血雨，还有漫长的十六年的别离。
