故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
莫家庄里，金光善的私生子莫玄羽献舍成功，随着一句在此恭迎夷陵老祖魏无羡，魏无羡得以重生。重生后的魏无羡必须满足莫玄羽的三个愿望才能不被诅咒反噬，在机缘巧合下，凶尸将莫家庄少爷莫子渊、随仆阿童、莫夫人等先后杀死。但是凶尸力量强大，虽然魏无羡暗 地里帮助蓝愿与蓝景仪驱除凶尸 却依旧苦难重重，就在魏无羡要绝杀的时候，蓝湛赶到压制住了鬼手。时隔13年，蓝湛和魏无羡再次见面了。魏无羡骑着小苹果慌慌张张地逃跑，不曾想却遇到金陵和江澄、以及鬼将军温宁。为了解除鬼将军带来的危机，魏无羡吹响竹笛将其制服。因为鬼将军只有夷陵老祖魏无羡才能控制，所以魏无羡的身份受到质疑，蓝忘机索性直接将其带回了云深不知处。
美月（桥本千波 配音）和夕哉（间岛淳司 配音）虽然身为兄妹，却并没有血缘关系，父母的重新结合让两人住到了同一屋檐下。个性有些傲娇的美月对夕哉这个突如其来的“哥哥”态度十分冷淡，但随着时间的推移，美月发现了夕哉善良的一面。 一位名叫寿日和（小仓唯 配音）的幽灵少女出现在了美月的身边，寿日和告诉美月，自己死于一场交通事故并且丧失了记忆，脑海中唯一能够记得的就是自己非常非常的喜欢夕哉。寿日和附身在了美月的身上，希望能够借助美月的身体帮助自己了却夙愿归天成佛，然而，对于被附身之后态度变得十分奇怪的美月，夕哉究竟抱有着怎样的感情呢？
21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……
