自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
令和末期,日本因全球核战影响走向衰败,大量难民涌入,更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生,引发民众暴动,国家体制崩溃,人口锐减至原来的十分之一以下,文明水平倒退至明治初期,并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后,大和历56年,生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台,一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
2011年,从一个约定开始。2017年,这是我们共同的奇迹。阔别六年再飞行,这一次麦当、咕咚和笛亚在木星遭遇有史以来最大危机,矛盾重重,生死一线,麦当一行能否突出重围?