故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上,地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死,基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻,守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上,三体文明和人类文明都是黑暗森林下的猎手,小心翼翼的保护好自己并且清理别人,为文明的存续而挣扎。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
千年前,神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战,神剑“照胆”跌落人间,飞蓬被贬下凡。千年后,蜀山锁妖塔震荡,获得魔剑的飞蓬转世——景天,与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。