性格乖僻、沉默寡言的出租车司机小户川，卷入女子高中生失踪事件。
故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
在不会拒绝别人的女孩子面前，使用土下座，她们就会满足你那请求吗！？
灰岛公誓（小野贤章 配音）是一个将全部的热情都倾注到了排球这项运动上的少年，然而他的过分认真却导致了一场意外的发生，令灰岛不得不告别了东京，搬回了老家福井重新开始新的生活。在福井，生活着灰岛的青梅竹马黑羽祐仁（榎木淳弥 配音），当得知童年好友即将归来时，黑羽心中充满了兴奋之情。 然而，灰岛的性格早已经和从前不同了，一连串事件的发生导致了灰岛和黑羽之间友情的破裂。一转眼来到第二年，灰岛升上了当地的高中，理所当然的加入了学校的排球队，在这里，他遇见了体型娇小却热血满满的主将小田伸一郎（伊东健人 配音）和他的搭档毒舌副将青木操（梅原裕一郎 配音）。
