《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
东京街头,数具男性尸体被发现,这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研(花江夏树 配音)原以为这一切离自己很遥远,直到一个夜里,他被自己心爱的女生袭击,原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术,才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官,来源竟然是喰种。 痊愈后,金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化,他的一只眼睛出现喰种反应,而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是,他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木,难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路?