《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。
一位收藏家在无意之中获得了原属于布达拉宫的圣物巴布金瓶，布达拉宫派出了喇嘛旺拉（元彪 饰），让他前往香港和收藏家接头，带回圣物。哪知道圣物重出江湖的消息不胫而走，传到了红教领袖罗桑的耳中，邪恶的罗桑企图抢走金瓶，利用金瓶的神奇力量实现野心。 旺拉见到了收藏家的代理律师邱胜男（李嘉欣 饰），然而，当两人来到收藏家的家中时，却发现收藏家已经被早一步到达的罗桑杀死，金瓶亦被抢走。旺拉当然不能让罗桑的阴谋得逞，两人之间展开了激烈的争斗。可惜旺拉不敌诡计多端的罗桑，被俘性命悬于一线。就在此时，罗桑和邱胜男的心灵相通，爆发出了强大的力量。
2001年香港特首角逐，特首热门候选人李志信（方中信）因工作上压力，经常有幻觉女性赤裸裸出现在面前，巧遇旧恋人心理专家何慧仪（张慧仪饰）替志信治疗。不久他卷入强奸下属性丑闻，被警方拘捕，罪名是强奸女秘书刘文慈（张文慈饰）。其中有催眠术制造他幻觉局部失忆。经过杂差警探（雷宇扬）破案，实际上不是政治阴谋，而是方中信被人陷害。
