在不远的未来，地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫，它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船，携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时，也给人类带来了先进的基因技术，人类由此进入了一个全新的时代。 然而，邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙，妄图统治人类世界，英勇的X26小队再次出战，通过激烈的战斗，最终将邪恶组织消灭。可是，变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后，恐龙已经占据了地球绝大地方，人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人，在寻求自身命运的同时，发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。
神话时代，宙斯之子亚伯妄想统治大地，他自称“太阳神”，张扬跋扈不可一世，最终遭到宙斯和阿波罗的抹杀。 数千年后，亚伯复活，假上天之名欲淹没人类文明，重建众神世界。他邀请雅典娜和其共同统领世界，并用神力复活战死的黄金圣斗士。假意合作的雅典娜试图暗杀亚伯，反被其所害。 星矢、紫龙、冰河等人来至太阳神殿，遭遇日晷战士和黄金圣斗士的伏击，少年战士伤痕累累，筋疲力尽，但只要雅典娜还有一点活转的希望，他们便决不放弃……
