故事发生在一个虚构的奇幻世界中，在这个世界里，每个人一出生起即拥有一本生命之书，所有人的一生，都会顺应着书中所写的脚本按部就班的发展下去。埃克斯（逢坂良太 配音）是其中的异类，因为他的生命之书竟然是空白的。为了寻找自己命运的线索，埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜（上田丽奈 配音）、好爽奔放的强壮青年塔奥（江口拓也 配音）、我行我素不拘小节的少女诗音（久保田未梦 配音），一路上，埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们，在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。
在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……rn本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。
奇师戏影策兵涛，逐浪祸海乱天道； 镜域侠武决干戈，龙首风痕会英豪。 儒门天下，镇门宝剑惊生变故，特聘剑师却受困于一处与元河天藏息息相关之地。只见熟悉的无双风华再现，为儒门天下安危，儒门龙首．疏楼龙宿再渡红尘，更将揭开不为人知的过往。 绝代剑者、冷傲超尘，隐居多时的风之痕师徒为何再现武林？离人公子会见故人复朝伊，两人之间的契约牵涉何等内容？邪帝绝式惊现江湖，伴随意外的虎形身影，白城舆身上有何变故？奇异女子金缕凤衣．灵悉潮又对他有何意图？ 异土镜界，流传天旨：羽剑竞暝刀，胜者号令定天下。境内四族，木族、兽族、金石族与人族主持的偃武三千楼、不秋阁，争抢灵脉，征战未曾休止。镜界高人梅林之主．知北游更力战作恶多端的奇迹影法师，双双重创；直至横空入世的木族龙君．森墨君策局，方得平息。但如今，元河天藏回归，异界外人接连来至，一切将风云变色！ 暗处黑宫，奇诡的皮影戏，上演着一出死讣预告，奇迹影法师、云渊御辩．复朝伊，紧觑刀剑之争，策动蓝图计划，他们究竟有何图谋？暗潮下，神秘的泉先海族伏伺已久，将掀汹涌巨浪！ 异域风云，阴谋暗生，暝刀羽剑，兵涛劫祸； 奇人策戏，镜界鏖兵，海族恶魔，群谱挽歌； 儒首魔剑，龙君知者，纷纷侠踪，谁定天道？
