故事发生在一个虚构的奇幻世界中，在这个世界里，每个人一出生起即拥有一本生命之书，所有人的一生，都会顺应着书中所写的脚本按部就班的发展下去。埃克斯（逢坂良太 配音）是其中的异类，因为他的生命之书竟然是空白的。为了寻找自己命运的线索，埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜（上田丽奈 配音）、好爽奔放的强壮青年塔奥（江口拓也 配音）、我行我素不拘小节的少女诗音（久保田未梦 配音），一路上，埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们，在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。
远古流传着一位骑士用剑结束黑暗世界，给人们带来了光明的传说。在女主角小时候遇到了妖物，一位金色狼头的战士救了她。女主角长大后，一次去美术馆时候，遇到了变成妖物的管理员。危机中男主角钢牙出现变身成金色狼头战士再次救了她。之后故事序幕展开……
西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁，为寻改命之法，前往神都参加大朝试，却因与真凤徐有容的一纸婚约，遭受打压，被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏，开启修行逆袭之旅，青藤宴废天海牙儿，未央宫胜神国七律，更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试，夺得首榜首名，却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生，在天书陵见证一代传奇荀梅陨落，激励他继续前行，在周园与魔族的战斗中，遇见乔装而来的徐有容，二人一路生死相依，联手挫败魔族阴谋，彼此相爱，却因周园崩塌分离。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
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