住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境。
当红男艺人…其实是女孩子！？不受欢迎的大学生恭平唯一的骄傲就是，他和男艺人有栖川炼其实是表兄关系。长大后他们就再没见过面了，某个夜晚，炼竟然偷偷溜进了恭平的公寓！然而，却因一场意外发现炼其实是女生！？
“秘密结社如月”眼见征服世界的目标即将实现，为了扩大版图，将战斗员六号作为先遣部队派遣至新侵略地，但他的各种行动却让干部们伤透脑筋。
故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
