沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
拥有着强大力量的创世神杖被四大神之一的埃及神拉（李璐 配音）盗走。为了令宇宙免于被毁灭的悲惨命运，希腊神宙斯（藤新 配音）派出了自己的女儿雅典娜（山新 配音）追踪神杖的下落。 小金刚（皇贞季 配音）是自幼生长在孤儿院里的平凡少年，常年凭借着机灵的脑瓜靠着坑蒙拐骗赚钱度日，只为了有朝一日身患重病的青梅竹马小青（C小调 配音）能够康复。一次偶然中，小金刚得到了藏有创世神杖下落的藏宝图，随后遭到了雷神托尔（李姝洁 饰）的伏击，在争抢之中，藏宝图被破坏，就这样，小金刚成为了唯一一个知道创世神杖在哪里的凡人。就这样，小金刚、雅典娜、托尔，再加上一个来自东方的脱线河神（郝祥海 饰），一行四人踏上了寻找创世神杖的旅途。
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
在兔子洞里，灵兔白妮看到时间之窗一个接一个地消失... 未来正在消逝，到底发生了什么？ 同时，马丽娜在家中醒来，发现有人利用奇迹少女与黑猫罗尔的米可幻奇许了愿。 很快，她意识到自己需要变身成奇迹少女……但她发现自己的耳环不见了！ 幸运的是，灵兔白妮在愿望消除一切之前赶来救了她。为了一起拯救未来，灵兔白妮和马丽娜必须找出是谁发现马丽娜就是奇迹少女，以及这个人是何时、如何偷走她的米可幻奇的。 马丽娜意识到蝴蝶米可幻奇现在有了新主人，一切希望似乎都消失了。只有一个人能拯救巴黎和世界，那就是奇迹少女自己。
