TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。 突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
在唐朝武明空统治时期，以主管全国大案要案的大理寺为舞台，讲述大理寺众人，在白猫少卿李饼的带领下，展开各种惊心动魄的破案冒险，向命运反抗，坚守自己内心正义的故事。
故事发生在昭和58年的一个炎热夏天，由于父母的工作调动，十六岁的少年九澄（小林优 配音）从繁华的大都市搬到了名为嫦娥街的山中小镇，一条小河将这个小镇分为了“新市街”和“旧市街”两个部分。在这里，九澄结识了新的朋友——个性积极开朗的摘花五十铃（加藤英美里 配音）和温文尔雅的大家闺秀朝雾要（渕上舞 配音），在好友的陪伴和鼓励下，九澄很快就适应了这里的平静生活。 令九澄在意的是班上一位名叫栉名田眠（伊濑茉莉也 配音）的女生，当其他人都热情的围绕在九澄身边时，只有田眠对他冷漠相待。更让九澄感到疑惑的是，田眠曾经非常严肃的给予了自己“不要接近旧市街”的忠告。在那里，究竟隐藏着怎样令人毛骨悚然的秘密呢？
与假面骑士Thousand Ark的游戏中取得胜利的檀黎斗借着幻梦无双卡带的力量，陆续收购IT相关的风险投资企业，扩大幻Corporation。但随后Smart Brain的形象女郎兼社长秘Smart Queen出现，宣告已经完成了幻梦Corporation的收购。其目的是黎斗创造游戏的力量。 黎斗拿着幻梦无双卡带逃离现场，然而电池耗尽令他静止了。 而救助黎斗的是意外的人物ーーー。
