4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
故事发生在一个人类文明科技极度发达的未来社会，机械帝国凭借着拥有大量优秀科学家和研造出的高智能机器人称霸宇宙，巨大的机器王国就此建立。帝国之中，凤（一条和矢 配音）、华莲（绪方惠美 配音）、北斗（佐久田修 配音）和龙（藤原启治 配音）是辅佐机械皇帝的四灵将，其中，华莲于无意之中发现了皇帝可怕而又强大的野心，决定不再助纣为虐，于是带着属于她的高能机器人逃往神居岛。 在神居岛，莲花邂逅了名为高宫铁兵（桧山修之 配音）的放牧少年，之后成为了他的师父。钢太郎是铁兵的哥哥，皇帝觊觎钢太郎高超的智商将他绑架。为了救出哥哥，正直勇敢的铁兵潜入了机械王国。
