神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术,逼迫其加入,教授拒绝而遭袭击,儿子神敬介也被杀害,身受重伤的父亲为了让儿子复活,不顾自己的伤势,亲自执刀为儿子进行改造手术。敬介醒来后,父亲已死,透过计算机留言,敬介了解GOD欲危害世界的阴谋,于是背负起对抗邪恶的责任,成为第五号的假面骑士·假面骑士X。
在不远的未来,地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫,它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船,携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时,也给人类带来了先进的基因技术,人类由此进入了一个全新的时代。 然而,邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙,妄图统治人类世界,英勇的X26小队再次出战,通过激烈的战斗,最终将邪恶组织消灭。可是,变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后,恐龙已经占据了地球绝大地方,人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人,在寻求自身命运的同时,发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。