故事发生在东京八丈岛近海,这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前,为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网,世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时,一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面,柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时,柯南接到来自冲矢昂(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相,柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中,进入设施内部。之后,在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内,发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架,而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边,也正有黑影在悄悄靠近……
与假面骑士Thousand Ark的游戏中取得胜利的檀黎斗借着幻梦无双卡带的力量,陆续收购IT相关的风险投资企业,扩大幻Corporation。但随后Smart Brain的形象女郎兼社长秘Smart Queen出现,宣告已经完成了幻梦Corporation的收购。其目的是黎斗创造游戏的力量。 黎斗拿着幻梦无双卡带逃离现场,然而电池耗尽令他静止了。 而救助黎斗的是意外的人物ーーー。
一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时,收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂(Ghost Eyecon)后,来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物,甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身,成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂,投身于影响世界命运的战斗中。