橘发少年黑崎一护是个正义感爆棚的高中生,与父亲、两个妹妹共同生活,从小他就有能看见鬼魂的本事,但并不以为意。一天夜里一只叫“虚”的怪物攻击了一护和他的家人,尾随怪物而来的死神朽木露琪亚身负重伤,只得将灵力转给一护,由他代死神之职。岂料“代职”一发不可收拾,一段时间后,尸魂界发现露琪亚的违规行为,来人将她抓走。为救出朋友,一护在浦原商店店主浦原喜助的帮助下,集结了井上织姬、石田雨龙、茶渡泰虎几位好友,一同前往尸魂界。与此同时,尸魂界瀞灵廷内一场惊天阴谋也在慢慢掀开……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。