从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
女娲娘娘为了造福人间,创造出了能够帮助人类的神兽,哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽,将它们污染变为了残暴的魔兽,驱使它们祸害人间,企图就此成为统治世界的霸主。 问天(马小冀 配音)是南宫城城主的儿子,一次偶然之中,他得到了神兽天晶兽(王凯 配音),让问天没有想到的是,天晶兽竟然幻化成为了神兵,拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时,问天的妹妹问雅(刘旭莹 配音)从母亲的血脉里遗传了净化之力,能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽,在兄妹两人无间的配合之下,正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞,于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
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科学警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇,自称为"奥特曼"的宇宙人告诉他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫,但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上长期生活,所以便借用光超一郎的身体与之合为一体,并可以用"闪光之星"来随时变身,使人类得以应付即将到来的各种危机…作为奥特曼系列的动画版,比起特摄片有固有的优势。在这里,主角可以做以前奥特曼们无法完成的特技。同时在一话中可以有数个奥特曼和怪兽登场,而不用额外的开销。而且,怪兽的设计者们不用再被这个时代"怪兽的皮套需要适应人的体型"这一技术条件所限制。因此,他们的创造力可以无限发挥。