从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
4000年前,出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离,两人结伴游荡荒原,入商队、遭异兽、遇天劫,属于少年的冒险正在展开。在他们的身后,王朝交替、山雨欲来,夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动,那些天赋异禀的少年,早已身在局中。
元初城游神卫?天妖门?灭妖会?煞? 东宁府大战之后,孟川上元初山之前,谜题能否揭晓——
收复玉龙国、打败天地盟主之后,神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长,黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心,元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡(玄天邪帝),并且开始了对玉岛国(玉龙国的姊妹国)进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援,没想到南宫逸不在家,反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来,玉龙国元首知道了这件事,马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天,一场正邪大战又开始了......