从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
故事发生在宁静的山村小镇中,个性有些害羞的少年桐岛青大(细谷佳正 配音)就居住和生活在这里。小镇的生活平和美好,但对于青大来说,依然有一个小小的烦恼萦绕在他的心头。那个名叫神咲七海(早见沙织 配音)的少女,她的身影总是不经意的出现在青大的视线中,而青大也不自觉的追随着七海的脚步。枝叶柚希(中岛爱 配音)的出现打乱了青大的生活节奏,这个性格直率活泼的女生居然自说自话的寄宿在了青大的家中,青大和柚希的同居生活就这样开始了。 除了柚希和七海外,还有一个女生的存在让青大感到格外在意。作为青大的青梅竹马,加贺月(高野菜菜 配音)的开朗性格显得格外富有魅力,徘徊在三个女孩子们中间,青大究竟该如何选择呢?
由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。