本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
在原本是平凡生活中的一天，整个世界发生了异变，床主市街上出现大量如同丧尸般的死体，而主角小室孝所就读藤美学园的也遭到死体的袭击。为了求生小室孝集结了包含青梅竹马在内的一批人，在这如同地狱般世界中，过去的各种价值观及法律已毫无意义，为了能在这现实的世界存活下去，人们的自私、黑暗、疯狂开始渐渐浮现，而主角一行人必须抛弃从前所谓的理想，面对残酷的现实，并在这崩坏的世界求得一线生机…
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。 痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
大三学生叶不凡，为了给母亲筹集医药费碰瓷，不料遇到不按套路出牌的女司机，被撞之后的叶不凡无意中穿越到幻境，获得了古医门的传承，从此精通医术、修炼功法，获得无数美女青睐。
